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Réseau : Quels sont aujourd’hui les axes de recherche de l’UBO, en matière de bactéries ?
Daniel Prieur : Nous travaillons essentiellement sur les bactéries des grands fonds océaniques. Et ceci, selon trois axes de recherche. Le premier est la connaissance de la diversité biologique. C’est plus que de la systématique ! Il s’agit en effet de connaître le plus précisément possible les différents métabolismes. Devant l’immensité de cette tâche, nous nous sommes spécialisés d’un côté dans les bactéries thermophiles (adaptées à la vie au delà de 60°C) et les hyperthermophiles (plus de 80°C). D’un autre côté, sur les bactéries barophiles, c’est à dire vivant sous haute pression. Le deuxième axe, c’est l’étude des mécanismes adaptatifs. Cette étude repousse sans cesse les limites de la vie. On ne sait pas jusqu’à quelle température peuvent vivre des bactéries, ni jusqu’à quelle pression… Cette étude est particulièrement intéressante quant aux applications possibles. Nous espérons, par exemple, comprendre un jour comment il se fait qu’à de telles températures, les protéines des bactéries ne soient pas dénaturées ! Enfin, un troisième axe porte sur les échanges génétiques de ces organismes à hautes températures. Nous sommes d’ailleurs sur le point de publier un travail qui est une première au monde avec ce type de bactéries (Cf encadré).
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Pour cultiver et étudier les bactéries sous haute pression, l’équipe encadrée par Daniel Prieur a mis au point un appareil tout à fait performant : " Dans des cylindres de métal capables de résister à des pressions de 100 MPa (1000 fois la pression atmosphériques), nous plaçons des seringues classiques. L’aiguille est enfoncée dans un bouchon de liège, qui les maintient droites et obture l’aiguille. Dans la seringue, nous plaçons la souche à étudier. L’ensemble est ensuite placé dans de l’eau que nous chauffons par thermorésistance à la température choisie. Le cylindre est alors hermétiquement fermé et un compresseur nous permet d’obtenir la pression choisie, l’eau poussant sur le piston des seringues.
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Réseau : Peut-on aujourd’hui préciser l’étendue de la vie sur terre ?
Daniel Prieur : Non. Chaque jour, on découvre de nouvelles bactéries, capables de vivre dans des conditions extrêmes. Les limites sont sans cesse repoussées ! En Méditerranée, par exemple, des forages ont été réalisés. Les plus profonds (748m de sédiments) contiennent encore des bactéries (1,8 x 106 par gramme de sédiment à cette profondeur) ! Il y a vingt ans, on ne connaissait pas d’organisme capable de vivre à plus de 80° C, aujourd’hui on en connaît qui survivent à 113°C ! Chaque limite repoussée, indépendamment de toute recherche de l’exploit, est une information sur les origines mêmes de la vie. C’est pourquoi, d’ailleurs, je participais la semaine passée [NDLR : fin mars], à une réflexion conjointe avec le CNES et la NASA, sur l ‘analyse des futurs échantillons qui seront ramenés de Mars. En tant que spécialiste des hautes pressions, et des hautes températures, il est possible que notre laboratoire soit choisi pour réaliser ces analyses. L’étude des organismes des grands fonds, c’est une introduction extraordinaire à l’exobiologie, c’est-à-dire l’étude de la vie extra-terrestre.
Réseau : D’autres projets ?
Daniel Prieur : Oui, il y en a un qui me tient tout particulièrement à cœur. C’est la création d’une souchothèque, qui réunira les collections de bactéries des sources hydrothermales de l’Ifremer, les collections de l’UBO, et les collections d’Yves Tirelli (ISAMOR) et d’Adrien Binet (UBO Quimper). Le but de cette création sera premièrement de conserver ces souches très délicates, venant de partout ; et de les mettre à la disposition des scientifiques et des industriels. Bien entendu, tous les travaux qui seront menés sur ces collections, se feront de manière contractuelle et payantes.
HT
| Un nouveau vecteur de clonage |
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 L’équipe du Professeur Prieur, devrait publier dans les semaines à venir les résultats d’un travail exemplaire. Ils sont en effet parvenus à isoler chez une bactérie hyperthermophile, un plasmide. C’est-à-dire, un ADN qui a la particularité d’être un vecteur de clonage. Autrement dit, lorsqu’on souhaite répliquer un gène en très grand nombre, il "suffit" de le placer en présence de ce plasmide, qui va se charger de le reproduire, par clonage, jusqu’à plus d’un million de fois. Cette technique, parfaitement maîtrisée aujourd’hui, n’avait encore jamais été employée avec ce type de bactéries.
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