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Les oiseaux de mer sont tous protégés en France. Il est non seulement interdit de les tuer, mais aussi de les commercialiser, de les tenir en captivité, de détruire leurs nids ou leurs œufs.
La population mondiale de Guillemot de Troïl est estimée entre 2,3 et 3,2 millions d 'individus. En Europe, marées noires et filets maillants seraient à l'origine de son déclin. Au Québec, les effectifs sont à la hausse mais demeurent bien inférieurs à ceux du XIXe siècle.