Le décodage des génomes s’accélère !

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avril 2014

Il y a dix ans, le décryptage du génome humain retentissait tel un exploit. Aujourd’hui, les biologistes utilisent la génomique au quotidien.Mais ils ont besoin d’outils ultraperformants. À l’Inria de Rennes, des bio-informaticiens conçoivent ces outils. Lors de sa thèse au sein de l’équipe GenScale(1), Guillaume Rizk a participé à l’élaboration de Minia, un logiciel open source capable d’assembler des données de séquençage pour les rendre exploitables. Avec son collègue Guillaume Collet, ils viennent de montrer que ce logiciel peut fonctionner sur un Raspberry Pi, un ordinateur miniature avec une mémoire vive minuscule, seulement 512 Mo ! Une aubaine quand beaucoup d’outils de génomique ne peuvent tourner que sur d’énormes clusters.  L’équipe vient également de créer un I-Lab, dispositif visant à favoriser le transfert de technologies, avec la jeune entreprise Korilog. Cette dernière a mis au point Klast, un outil informatique capable d’effectuer les comparaisons de génomes beaucoup plus vite que son homologue américain. L’objectif est de rendre l’algorithme encore plus performant pour obtenir un logiciel de qualité quasi industrielle dès la fin du projet.

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