Portraits

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Gaëtan Benoît
Bio-informaticien
Avec Antoine Limasset, un autre doctorant du laboratoire, il a remporté le prix coup de cœur du public et le deuxième prix du jury du Festival Sciences en cour[t]s, le 13 mai dernier.

« Je travaille sur le métagénome marin »

Gaëtan Benoît est en première année de thèse à Inria Rennes-Bretagne Atlantique dans l’équipe GeneScale dirigée par Dominique Lavenier.

Je cherche à mettre au point des méthodes informatiques pour permettre aux biologistes d’exploiter les énormes quantités de données qu’ils produisent, telles que les séquences d’ADN. Je ne m’intéresse pas à l’ADN d’un seul individu ou d’une seule espèce, mais à un métagénome, c’est-à-dire un mélange de génomes de microorganismes tellement petits qu’on ne peut pas les isoler. Cela peut être le sol, la flore intestinale... Moi, je travaille plus particulièrement sur le métagénome marin, en lien avec des équipes du Genoscope à Paris, à partir de 2000 échantillons rapportés par le voilier Tara et récoltés un peu partout sur le globe. Le but ultime est d’arriver à identifier les espèces, mais cela reste encore très compliqué... C’est pourquoi on essaie de mettre au point de nouveaux outils d’analyse en bio-informatique en partant de petites portions de génome. Des statisticiens interviennent aussi : ils essaient de réduire la masse de données, en classant les séquences dans des grandes familles et élisent les plus représentatives que nous, bio-informaticiens, tentons ensuite d’assembler, un peu comme les pièces d’un puzzle. Mais seuls 5 % de chaque échantillon peuvent être assemblés par les outils actuels et 90 % des échantillons sont encore inconnus ! On a donc commencé par comparer les échantillons d’eau de mer les uns par rapport aux autres pour essayer de mettre en évidence des mouvements de génomes. Cela nous donne des informations déjà très intéressantes sur les courants marins.

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Propos recueillis par
Nathalie Blanc

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Merci pour cette précision !

Merci pour cette précision ! Effectivement, il s'agit de la réalisation qui a remporté le prix coup de cœur du public et le deuxième prix du jury du Festival Sciences en cour[t]s le 13 mai dernier :-)