Microbiote, une entité complexe qui nécessite de la nuance

Carte blanche

N° 413 - Publié le 8 novembre 2023
étude du microbiote au laboratoire
Antoine Borzeix
Geneviève Héry-Arnaud
Carte blanche
Geneviève Héry-Arnaud
Microbiologiste médicale, spécialiste du microbiote pulmonaire au CHU de Brest (Inserm)

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Sous le feu des projecteurs ces deux dernières décennies, la recherche sur le microbiote humain connaît une croissance exponentielle, fruit d’un engouement croissant et conjoint de la médecine. Alors que les amoureux des microbes, dont je fais partie, saluent cette quête insatiable de connaissances vouée aux micro-organismes qui nous habitent, il est crucial de reconnaître que cette effervescence scientifique a été accompagnée d'un battage médiatique sans précédent, propulsant malheureusement son lot de mésinformations1.

Termes simplistes et erronés

Il est ainsi courant à propos des microbes de lire des références aux « bons » et aux « mauvais », à l’instar du cholestérol. Ces termes sont excessivement simplistes et fondamentalement erronés. Les micro-organismes et leurs métabolites ne sont intrinsèquement ni bons ni mauvais, ils existent simplement. Leur impact sur notre organisme dépend avant tout du contexte. Dans un environnement donné, ces micro-organismes peuvent être nuisibles, tandis que dans un autre, ils peuvent coexister sans causer de dommages. Par exemple, Clostridioïdes difficile, qui est une bactérie connue pour provoquer des diarrhées récidivantes, peut être portée de manière asymptomatique pendant de nombreuses années, ne devenant problématique qu'en cas de traitements antibiotiques ou d'un système immunitaire affaibli. De même, Escherichia coli peut être inoffensive dans le colon, mais provoquer des infections des voies urinaires lorsqu'elle colonise l'urètre. À l'inverse, Akkermansia muciniphila, promue comme un complément alimentaire pour les personnes en surpoids en raison de son potentiel à améliorer le métabolisme des graisses et des glucides, est également associée à la maladie de Parkinson ou d’Alzheimer. Mais la relation de cause à effet n'étant pas encore avérée dans ces maladies neurodégénératives, la prudence doit être de mise dans sa présentation.

D’un patient à l’autre

Il est indéniable que de nombreuses affections humaines sont liées à des modifications de la composition du microbiote, ce que l'on appelle la « dysbiose ». Cependant, ce terme, bien que courant, reste vague et sa pertinence clinique limitée. Dans certaines pathologies, en particulier les maladies inflammatoires de l'intestin, ces altérations de la composition du microbiote contribuent à la progression de la maladie. Néanmoins, il est crucial de noter qu’elles varient considérablement d'un patient à l'autre, et que le microbiote lui-même est extrêmement variable d'un individu à l'autre, que la personne soit en bonne santé ou malade. Ceci rend extrêmement complexe l'identification de caractéristiques du microbiote qui soient spécifiques et reproductibles pour des applications médicales.

Au total, les idées fausses liées au microbiote appellent à la vigilance de tous les acteurs communiquant sur ce sujet auprès du grand public. Étant donné les nombreuses potentialités du microbiote et l'intérêt passionné du public pour ce sujet, il serait dommage de dénaturer ce précieux atout pour la médecine de demain. Il est tout aussi important de sensibiliser le grand public à la complexité du microbiote humain et de faire preuve de la plus grande prudence dans la communication des données scientifiques.

« Microbiote », ce nouveau mot de la langue française est riche de promesses ; mais laissons-lui le temps de se bonifier et laissons le temps à la recherche de l’éprouver !

1. Fausses informations transmises par une personne qui les pense vraies.

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