Portraits

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Thanapat Kangkachit
Informaticien
Doctorant à l’université de Kasetart, à Bangkok, en Thaïlande, il effectue depuis le mois de juillet dernier un séjour de recherche d’un an en France, grâce à une bourse du Fonds thaïlandais pour la recherche et de l’ambassade de France à Bangkok.

« Je développe une nouvelle méthode pour prédire la fonction d’une protéine »

Thanapat Kangkachit est actuellement accueilli au laboratoire en sciences et technologies de l’information de la communication et de la connaissance à Télécom Bretagne à Brest.

Je développe une nouvelle méthode pour prédire la fonction d’une protéine. Je m’intéresse plus spécifiquement aux enzymes, qui transforment un substrat en un produit final utilisable par notre organisme. Leur fonction est déterminée par un “composant” appelé site actif, qui permet de fixer le substrat adéquat et opère la transformation chimique. Cela correspond à des enchaînements bien particuliers dans la chaîne d’acides aminés qui compose la protéine. Je travaille sur 22000 séquences enzymatiques différentes. Et les sites actifs ne sont connus que pour 4% d’entre elles. Je cherche à décrypter les 96% restants ! Je mets au point une méthode informatique qui permet de retrouver des motifs récurrents dans les séquences enzymatiques, et de leur assigner une fonction, pour en déduire finalement le rôle de l’enzyme. Pour cela, j’utilise les propriétés chimiques des acides aminés, afin d’apprendre à la machine à trouver des relations entre eux, de voir s’ils peuvent partager certaines propriétés. Je peux également classer les protéines en fonction des motifs qu’elles ont en commun.

C’est un travail de représentation des connaissances et de fouille de données. Actuellement, il existe deux méthodes pour prédire la fonction d’une protéine. L’une, appelée machine à vecteurs de support, est précise mais ne permet pas de voir le raisonnement qui a amené au résultat. L’autre, basée sur les arbres de décisions, laisse voir le processus mais manque de précision. La méthode sur laquelle je travaille devra combiner les deux avantages !

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Propos recueillis par
Céline Duguey

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