Au labo avant la mise à l’eau

344
septembre 2016
Pierrick Haffray/Sysaaf
Échographie, mesures morphologiques des individus, de la taille et l’épaisseur des filets..., les méthodes de sélection mises au point en laboratoire sont ensuite appliquées chez les professionnels comme ici chez Bretagne Truite (Plouigneau) dans le cadre du projet européen FishBoost.

Des recherches sur tout le cycle du poisson sont menées en étroite collaboration avec les professionnels de l’élevage.

Insouciants dans leurs bacs, ces poissons font l’objet de toutes les attentions des chercheurs du Laboratoire de physiologie et génomique des poissons (LPGP) de l’Inra, basé sur le campus de Beaulieu, à Rennes. Menés essentiellement sur la truite, les travaux du LPGP ont des finalités aquacoles depuis plus de quarante ans : maîtrise de la qualité de la chair, du cycle de reproduction, identification du gène qui détermine le sexe (publication en 2014), mise au point d’un produit pour diluer et conserver les gamètes (travaux en cours avec un industriel) et d’une méthode de prédiction de la taille du filet, le laboratoire est à l’origine de plusieurs découvertes qui sont aujourd’hui appliquées (ou en passe de l’être) chez les professionnels de l’aquaculture. 

Des poissons par milliers

D’ailleurs, ce n’est pas un hasard si, dans un des couloirs du bâtiment, se trouve l’antenne aquacole du Syndicat des sélectionneurs avicoles et aquacoles français (Sysaaf)(1), qui travaille en direct avec les professionnels pour les aider à mettre en place un système de sélection efficace. « Être au plus près de la recherche nous permet d’avoir un coup d’avance et de proposer aux entreprises des choses vraiment innovantes, explique Pierrick Haffray, le responsable. Comme les poissons sont des animaux très féconds - 1500 œufs par kilo de femelles chez la truite ; 100000 œufs par femelle chez le bar ! -, une innovation a très vite des répercussions sur la filière. »

La sélection des animaux en général, et des poissons en particulier, a longtemps été basée sur leur poids et leur croissance. À partir des années 90, d’autres critères ont fait leur apparition grâce notamment aux travaux menés au LPGP : des critères morphologiques, mais aussi non externes et visibles seulement à l’échographie et d’autres outils de vision numérique (qualité de la chair, teneur en lipides...), ou encore des indicateurs de résistance aux maladies.

Le suivi de la généalogie

Parallèlement, l’Inra et le Sysaaf ont développé une méthode qui permet de suivre ces caractères grâce à l’empreinte génétique (pédigree) de chaque individu et de minimiser l’apparentement des individus consanguins (lire Comprendre ci-dessous). Utilisée aujourd’hui par une vingtaine de fermes aquacoles en France (sur les truites, turbots, daurades, esturgeons et maigres), elle est régulièrement améliorée et transférée à d’autres espèces (huîtres creuses ou crevettes(2)).

Un autre cap a été franchi en 2004. Il est désormais possible de mesurer les aptitudes d’un individu à travers celles de ses apparentés (ses frères et sœurs, oncles et tantes) et non plus seulement à partir de ses performances individuelles. Cela consiste, au sein d’une même génération, à isoler et sacrifier 1000 à 2000 individus pour estimer, par exemple, leur résistance à une maladie ou mesurer leur rendement après découpe (poids, épaisseur du filet...). Les résultats obtenus : bonne résistance ou mauvais rendement, pouvant ensuite être attribués aux frères et sœurs non sacrifiés.

Stress, situations de dominance...

Depuis cinq ans, le comportement des poissons d’élevage constitue aussi un objet d’études. Le bien-être des animaux étant un gage de bonne production. Éthologiste, Violaine Colson est une des rares en France à travailler sur la truite. Elle a équipé certains bassins de l’unité expérimentale du laboratoire avec des caméras de surveillance pour étudier le stress, les situations de dominance, l’apprentissage des périodes de nourrissage(3)...

« Depuis 2015, nous essayons de faire converger toutes ces connaissances sur le comportement, la croissance, les capacités adaptatives… pour étudier l’effet transgénérationnel, précise Julien Bobe, le directeur du LPGP. C’est-à-dire les caractères non génétiques mais transmis par la mère. Le but étant de savoir s’il existe un effet maternel, que l’on pourrait influencer. » Les bassins d’élevage sont décidément sous haute surveillance !

Éviter la consanguinité

Sélectionner, c’est croiser entre eux les candidats les plus intéressants pour améliorer les performances de la génération suivante sur des caractères ciblés, tout en évitant des croisements entre sujets apparentés (frères-sœurs, par exemple). Or, cela peut vite se révéler compliqué chez les espèces aquacoles très fécondes et de très petite taille à l’éclosion.

« Pour bien travailler, un sélectionneur doit créer au moins 200 à 300 familles par génération ce qui veut dire les élever séparément dans 200 à 300 bacs différents pour pouvoir les dissocier et les croiser ensuite ; car on ne peut pas marquer les alevins à la naissance ! », explique Pierrick Haffray du Sysaaf(3). Cette méthode est non seulement coûteuse (besoin d’espace...), mais elle peut aussi engendrer ce que les professionnels appellent “l’effet bassin” : la survenue d’un événement externe dans un bassin qui biaise le développement d’une famille... Développée à Rennes, l’utilisation de l’assignation de parenté par empreintes génétiques associées au marquage électronique par transpondeurs (une puce de quelques millimètres lisible grâce à un code à treize chiffres) dès un poids minimum (20 à 30 g) permet de mélanger les individus sans perdre les informations sur leur généalogie.

Tabs

Nathalie Blanc

Ajouter un commentaire

LE DOSSIER