La Saint-Jacques, véritable fenêtre sur le passé

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N° 420 - Publié le 3 juin 2024
© ERWAN AMICE / CNRS

Et si la coquille Saint-Jacques était une archive de l’environnement ? Une équipe brestoise s’intéresse à la dynamique passée du phytoplancton pouvant être révélée dans les stries de la coquille.

Diatomées, dinoflagellés, coccolithophoridés… ces microalgues qui dérivent avec le courant constituent le phytoplancton, vital pour l’équilibre de notre planète. À la base de la chaîne alimentaire, ces êtres vivants sont un important puits de carbone et produisent près de la moitié de l’oxygène sur Terre.

Souvent, à partir du printemps lorsque la température de l’eau et l’intensité lumineuse augmentent, ils peuvent se développer en très grandes quantités, formant des blooms, ou efflorescences. À la fin de ces périodes de forte activité, les microalgues produisent des composés collants agissant comme un ciment. Les cellules s’agglomèrent alors entre elles, formant des agrégats, appelés « neige marine », qui peuvent atteindre plusieurs centimètres.

Lire le passé dans les stries


Une équipe du Lemar1, à Brest, étudie comment ces dynamiques d’agrégats peuvent affecter la concentration de deux éléments chimiques, le baryum et le molybdène, présents dans la colonne d’eau et, a posteriori, dans les coquilles de mollusques. Valentin Siebert, docteur en écologie marine à l’UBO2, spécialiste de la coquille Saint-Jacques, étudie son rôle d’archive environnementale.

De la même façon que les arbres avec leurs cernes, les Saint-Jacques créent des stries de croissance journalière. Le biologiste explique avoir « analysé la composition chimique de chaque strie de coquilles prélevées en rade de Brest sur une période d’un an de croissance, de mars à octobre car la coquille ne grandit pas en hiver ».

Cette analyse chimique se focalise sur les variations de baryum et de molybdène dans la coquille car elles suivent respectivement les blooms de diatomées et la présence d’agrégats dans l’environnement. « Le baryum est retenu à la surface de la coque des diatomées, avant que ces microalgues soient consommées par les Saint-Jacques, précise Valentin Siebert. S’il y a un pic de baryum dans la coquille, c’est qu’il y a eu un pic de phytoplancton enrichi en baryum au même moment dans la colonne d’eau. Je m’intéresse alors, entre autres, au baryum incorporé dans la coquille des mollusques comme indicateur de la présence du phytoplancton. » L’étude, qui vient d’être publiée3, montre que les agrégats sont enrichis en molybdène et que leur ingestion serait à l’origine de l’augmentation des concentrations de ces éléments dans la coquille des Saint-Jacques.

Des coquilles de 5 000 ans


Et pour affiner leur recherche, les scientifiques analysent aussi de très anciennes coquilles. « Des Saint-Jacques vieilles de 5 000 ans ont été retrouvées sur des sites archéologiques du Finistère. Les blooms de phytoplancton étaient-ils de la même intensité ou à la même période de l’année à cette époque ? », s’interroge le chercheur. La coquille Saint-Jacques serait donc une véritable fenêtre sur le passé !

Fabio Perruchet

1. Laboratoire des sciences de l’environnement marin.
2. Université de Bretagne Occidentale.
3. Dans la revue Estuarine, Coastal and Shelf Science.

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Une IA pour déchiffrer d’anciennes partitions

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N° 420 - Publié le 3 juin 2024
© IRISA / BNF
Défaut d’impression entraînant une erreur dans l’interprétation de la note. Elle sera signalée par l’outil.

À l’occasion de la Fête de la musique, Sciences Ouest a rencontré des scientifiques qui mettent au point un système automatique de décodage de partitions vieilles de plus de cent ans.

Près de 400 partitions, environ 10 000 pages… À Rennes, une équipe de chercheurs s’intéresse aux morceaux de Camille Saint-Saëns, compositeur français du 19e et du début du 20e siècle. Pourtant, dans leurs bureaux, les seuls claviers sont ceux des ordinateurs. Ces spécialistes de la reconnaissance d’images et de documents élaborent une intelligence artificielle (IA) capable de lire et de comprendre une partition comme le ferait un musicien. « Il faut en quelque sorte apprendre le solfège et la notation musicale au système », résume Bertrand Coüasnon, chercheur en informatique à l’Irisa1 et membre du projet Collabscore porté par le Cnam2 avec des chercheurs un peu partout en France à partir des partitions de la BnF3. Mais comment injecter ces connaissances à l'IA ? La méthode la plus classique est celle du deep learning qui consiste à lui fournir beaucoup d’informations : ici des images sur lesquelles un humain a précisé que tel signe est une note, une pause ou encore une parole. Mais l’originalité du projet est de combiner cet apprentissage par l’exemple avec l’expression de règles. « Nous donnons des consignes à l’IA en exploitant des éléments de cohérence déjà présents dans l’image », indique Aurélie Lemaitre, chercheuse en informatique à l’Irisa. Ainsi, si la portée commence en indiquant un temps en 4/4, cela signifie que l’on doit retrouver quatre temps dans chaque mesure.

Détection des incohérences


De tels outils de lecture de partition existent déjà dans le commerce, mais ils ne sont pas adaptés à des partitions trop anciennes ou complexes. « La force de notre système est qu’il détecte lui-même les incohérences », souligne Bertrand Coüasnon. Par exemple, sur l’un des morceaux (voir ci-dessous), un défaut d’impression a effacé la hampe d’une croche (qui compte pour un demi-temps). Le logiciel l’a donc confondue avec une noire (qui compte pour un temps). Mathématiquement, le compte n’y est pas. La somme des temps de la mesure n’équivaut pas à ce qui est précisé en début de portée, mais le système a lui-même signalé un problème.

Synchronisation


L’équipe rennaise, en début de chaîne, reçoit les partitions scannées, puis entraîne son système à décoder l’image et à retranscrire la musique sur un nouveau document. Ensuite, des chercheurs lillois prennent le relais et synchronisent un enregistrement sonore avec la partition. Le résultat : une partition sur laquelle défile un curseur en même temps que la musique est jouée ou chantée. Une manière de valoriser le patrimoine de la BnF aussi utile à un amateur qui souhaite s’aider de l’audio pour lire la partition, que pour des chercheurs en musicologie. En somme, l’automatisation de la reconnaissance du contenu des partitions permet de faire le lien entre l’écriture et le son. Une bien savante manière de célébrer la musique.

Violette Vauloup

1. Institut de recherche en informatique et systèmes aléatoires.
2. Conservatoire national des arts et métiers.
3. Bibliothèque nationale de France.

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Le potentiel du microbiome respiratoire

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N° 420 - Publié le 3 juin 2024
© NEXTZIMOST / ADOBE STOCK

 

Renforcer la lutte contre la pneumonie1, première maladie infectieuse dans le monde : c’est ce que vise le projet Phenomenon2. Malgré des traitements antibiotiques standards, ce syndrome pulmonaire grave est associé à un taux de mortalité élevé. Sur 100 personnes intubées pour une pneumonie, 25 décèdent en moyenne. Pour y remédier, les scientifiques étudient depuis décembre le rôle du microbiome respiratoire dans l’antibiorésistance face à la pneumonie.

Dissemblances pulmonaires


Le microbiome désigne l’ensemble des gènes présents au sein d’un microbiote, lui-même défini comme les micro-organismes d’un environnement précis, ici les voies respiratoires. Or, des différences de microbiomes ont été constatées entre des personnes atteintes de pneumonie et d’autres non malades. Afin d’en savoir plus, les chercheurs analysent le contenu du fluide pulmonaire de différents patients et visent ainsi « à déterminer si l’échec de traitement aux antibiotiques d’une pneumonie est dû à cette disparité de microbiomes respiratoires », explique le Pr Antoine Roquilly qui co-dirige le projet. « Nous essayons également de démontrer que la restauration du microbiome d’un patient permettrait de passer outre cette résistance aux antibiotiques, et ainsi augmenter les taux de guérison », ajoute le médecin spécialisé en anesthésie-réanimation au CHU de Nantes. Un projet d’envergure, sachant que l’antibiorésistance pourrait devenir la principale cause de décès en Europe, Amérique du Nord et Australie d’ici 2050.

Charles Paillet

1. Infection pouvant être causée par différents agents infectieux, comme la grippe ou le coronavirus.
2. Porté par le CHU et l’Université de Nantes.

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Quel avenir pour la petite roussette ?

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N° 420 - Publié le 3 juin 2024
© NOEMIE COULON
Embryon d'une petite roussette dans son œuf.

Des scientifiques ont simulé un réchauffement et une acidification des océans pour en observer les effets sur le développement embryonnaire d’un requin.

La petite roussette est l’un des requins les plus communs en Europe et s’est adaptée à plusieurs environnements. Mais alors que le dérèglement climatique devrait avoir des conséquences sans précédent sur le fonctionnement biologique des poissons, des chercheurs ont observé comment le réchauffement et l’acidification des eaux pourraient affecter le développement embryonnaire de ce petit requin. Leurs résultats viennent d’être publiés dans la revue Marine Environmental Research.

Pendant dix mois, en laboratoire, ils ont étudié le développement de petites roussettes dans des milieux différents, dont les températures et le pH variaient selon deux scénarii de dérèglement climatique. « Nous avons également simulé des variations de températures correspondant aux différentes saisons », ajoute Noémie Coulon, doctorante en écologie marine au laboratoire Borea1, à la Station marine de Dinard. 

Dans le scénario moyen, 82 % des œufs ont éclos, contre seulement 11 % dans le plus défavorable2. « Ces embryons ont probablement eu beaucoup de difficultés à utiliser l’énergie qu’ils puisent dans les réserves de l’œuf pour leur développement, avance la chercheuse. Chez n’importe quelle espèce lorsque les conditions sont défavorables, l’individu a besoin de plus d’énergie pour faire fonctionner son organisme, ce qui réduit celle dédiée à la croissance. »

Pic de mortalité


Les scientifiques ont observé un pic de mortalité en août, la période où l’eau est la plus chaude (23,1 °C dans le pire scénario) qui coïncide avec une phase très énergivore du développement. « C’est à ce moment que les branchies, jusqu’ici sous la forme de filaments à l’extérieur du corps, sont internalisées », explique Noémie Coulon. Or, moins il y a d'éclosions, plus le risque d'effondrement des populations est élevé. Un constat préoccupant lorsque l’on sait que ces prédateurs, dont le rôle de régulation dans la chaîne alimentaire évite par exemple la prolifération de maladies chez les proies, sont essentiels au bon fonctionnement de leurs écosystèmes.

Violette Vauloup

1. Biologie des organismes et écosystèmes aquatiques.
2. Dans le scénario moyen, les émissions de CO2 se maintiennent aux niveaux actuels jusqu'en 2050, puis diminuent sans atteindre l'objectif de zéro net d'ici 2100 et dans le plus extrême, elles triplent d'ici 2075.

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Atomes, bruit et ondes : un défi acoustique

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N° 420 - Publié le 3 juin 2024
©KAZU8 / ADOBE STOCK

 

« Aujourd’hui dans un avion de ligne on peut se parler mais il y a quelques décennies, c’était assourdissant, on a fait des progrès spectaculaires », souligne Christophe Droz, chercheur à l’Inria1 à Rennes. Des progrès qui ne semblent pas près de s’arrêter. Avec ArchiNoise, le physicien se lance dans un projet qui vise à faire émerger des concepts et des matériaux innovants pour absorber le bruit. « En réalité, ce sont les ondes qui se propagent dans une structure que l’on absorbe, explique-t-il. Il faut imaginer le bruit comme un rayonnement dans l’air qui est la conséquence d’ondes se propageant dans une structure : un fuselage, une vitre, un mur… » Le défi est donc de concevoir des matériaux qui empêchent la propagation de ces ondes, et notamment les vibrations à basses fréquences, plus difficiles à absorber. Pour cela, son équipe va s’inspirer de l’infiniment petit et reproduire des structures qui existent dans des atomes pour conférer aux matériaux des propriétés particulières. En bref, modeler la matière pour manipuler les ondes.

Violette Vauloup

1. Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique.

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Zoom sur les mouvements de l’Atlantique

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N° 420 - Publié le 3 juin 2024
© Ifremer - Stéphane Lesbats

 

« L’océan est loin d’être immobile », expose Damien Desbruyères. Le 19 juillet, ce chercheur au Lops1, à Plouzané, embarquera vers le large de Terre-Neuve, au Canada, pour mieux comprendre la circulation méridienne de retournement Atlantique (Amoc2), qui joue un rôle majeur dans la régulation climatique. « Les courants transportent les eaux chaudes de l’équateur aux hautes latitudes, où elles perdent une partie de leur chaleur, deviennent très denses et plongent vers les abysses, entraînant un retour d’eau froide vers le sud », explique le chercheur. Souvent schématisée sous la forme d’un tapis roulant, cette circulation est beaucoup plus complexe. « Certaines zones, comme Terre-Neuve, sont des espaces de transition entre des régimes physiques différents », clarifie l’océanographe. En mesurant les courants, la salinité, l’oxygène ou encore la température, son équipe va réaliser du 1er au 29 août une « photographie » des masses d’eau en amont et en aval de la zone de transition pour mieux comprendre comment elle altère le transport des eaux froides vers le sud.

Violette Vauloup

1. Laboratoire d'océanographie physique et spatiale.
2. De l’anglais Atlantic meridional overturning circulation.

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Au château de Kerjean, les différents visages de l’archéologie

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N° 420 - Publié le 3 juin 2024
© CDP29

Dans le cadre des Journées européennes de l’archéologie, les 15 et 16 juin, le château de Kerjean, à Saint-Vougay, ouvre ses portes gratuitement. Le site finistérien propose une activité de découverte des métiers de l’archéologie, de la céramologie à la stratigraphie en passant par la palynologie1. « Parce que l’archéologie ne se limite pas à faire des trous dans le sol », rappelle Matthieu Poulelalouen, médiateur au château. Et le site en est le parfait exemple : dans les années 1990, des archéologues ont retrouvé des pollens fossilisés qui donnent aujourd’hui une idée des essences qui ornaient les jardins du château au 18e siècle. Mais l’édifice, bâti à la fin du 16e siècle, recèle encore bien des mystères. La plupart des archives ont disparu à la Révolution, en même temps que la dernière marquise, guillotinée en 1794… Des fouilles ont toutefois mis au jour les vestiges d’une voie pavée du 15e siècle, « les traces d’un manoir qui aurait été démantelé pour construire le château », avance le médiateur. D’hypothèse en hypothèse, l’archéologie fait remonter le temps !

Infos sur https://journees-archeologie.eu/

Violette Vauloup

1. Respectivement étude des céramiques, des successions de couches du sol et des pollens et spores fossilisés.

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De l’œuf à la plume, les oiseaux à la loupe

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N° 420 - Publié le 3 juin 2024
© VIOLETTE VAULOUP
Cet été, le site permet au grand public de découvrir la diversité des oiseaux et de leurs caractéristiques.

Tout l’été, la Maison de la baie, à côté de Saint-Brieuc, propose deux expositions qui décortiquent la diversité et les prouesses des oiseaux. 

À Hillion, dans les Côtes d’Armor, la Maison de la baie surplombe l’anse d’Yffiniac. Au beau milieu de la baie de Saint-Brieuc et en plein cœur de la deuxième plus grande réserve naturelle de Bretagne, ce centre d’éducation à l’environnement dédie son été aux oiseaux. Dès les abords du site, seize panneaux invitent à découvrir les œufs de différentes espèces. De la mouette rieuse au troglodyte mignon en passant par la grive musicienne, toutes les espèces sont visibles dans la région. « Les gens les connaissent mais pas forcément leurs œufs, c’est une porte d’entrée originale, avance Bruno Chrétien, le responsable de la Maison de la baie. Dans l’inconscient collectif, l’œuf, c’est celui de la poule », poursuit-il en pointant du doigt un minuscule point sur l’affiche : les œufs sont représentés en taille réelle.

Creux comme un os


Mais la visite ne s’arrête pas là. Il suffit de pousser les portes de la Maison de la baie pour accéder à une seconde exposition, accessible jusqu’au 25 août. « Avec Tous à plumes, on décrypte ce qui fait d’un oiseau un oiseau », présente Bruno Chrétien. Le parcours démarre dans un sas obscur. Petit à petit, le jour se lève et les oiseaux nocturnes passent le relais aux diurnes. La lumière apparaît et les bruits changent. Le ton est donné, l’exposition se veut « sensorielle et manipulatoire » ; on touche, on teste et on apprend. Pendant que dans un haut-parleur un hibou hulule à intervalles réguliers, il suffit de plonger ses mains à travers un grand rideau noir pour tenter, par le simple toucher, de reconnaître un oiseau sculpté.

Un peu plus loin, nous apprenons que la légèreté est le principal critère pour voler. L’exposition invite à soulever une maquette de roitelet et une autre de souris. Les deux animaux font la même taille mais là où le rongeur pèse 20 grammes, l’oiseau n’en fait que cinq, soit « le poids d’une enveloppe vide », sourit Bruno Chrétien. Comment expliquer une telle différence ? « Les oiseaux ont des os creux, remplis d’air », ajoute le responsable du site.

Pince, marteau, tenaille


Du plumage au type de vol en passant par le chant, chaque espèce s’est adaptée à son lieu de vie. L’exposition permet ainsi de comparer les différents types de bec avec des outils : la fine et longue pince de la bécasse, le marteau du pivert ou encore la tenaille de l’aigle, faite pour déchiqueter la peau de ses proies. Il en va de même pour les pattes, bien différentes selon les habitats. « Vous ne verrez pas un oiseau palmé faire son nid dans un arbre », assure Bruno Chrétien. D’ailleurs, la construction des nids diffère beaucoup selon les espèces. Si l’on aperçoit souvent au sol les chutes de brindilles de celui de la tourterelle, d’autres oiseaux sont plus appliqués, comme le tisserin qui tisse des filaments de feuille pour faire son nid. « Nous n’avons vraiment rien inventé », souffle notre guide.

Violette Vauloup

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L’art pour sensibiliser à l’océan

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N° 420 - Publié le 3 juin 2024
© KATY LE GALL

 

Entremêlant arts et sciences, Jeunes reporters des arts, des sciences et de l’environnement fête sa 15e édition cette année. L’événement s’adresse à tous les élèves bretons afin de présenter une œuvre artistique en lien avec la thématique de l’océan. « L’objectif est de donner le goût des sciences aux enfants, de les initier à la démarche scientifique et de les sensibiliser à la protection de l'environnement tout en développant une approche sensible par l’art », confie Tristan Hatin, responsable médiation et culture scientifique à Océanopolis, coordinateur du projet. Durant toute l’année scolaire, les élèves ont travaillé avec leurs enseignants. Biodiversité, pollution plastique, ressources marines et changement climatique… les sujets sont vastes. Ils ont ensuite rencontré des spécialistes sur le sujet qu’ils ont choisi, pour poser leurs questions. Cécile Klein, spécialiste du plancton à Brest et fidèle du projet, confie : « J'adore partager le monde du plancton avec des enfants car ils sont sans filtre, je considère qu'ils sont l'avenir et c'est gratifiant de me dire que je leur ouvre un petit peu l'esprit sur leur environnement ».

Vient ensuite la création artistique, libre, prenant des formes très variées telles que des œuvres plastiques, des chorégraphies, des pièces de théâtre ou même des plateaux de jeu ! Depuis son lancement en 2009, ce sont plus de 30 000 élèves de tout niveau et 500 experts qui ont participé au projet. Cette édition 2024 présentera du 30 mai au 9 juin, aux Ateliers des Capucins à Brest, une exposition accessible à tous, des 50 œuvres créées par ces élèves engagés pour l’océan.

Fabio Perruchet

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Portrait

N° 420 - Publié le 3 juin 2024

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